1. L'urbanizzazione
Nel corso del I sec. a.C. avviene una grande ripresa in tutta la Campagna Romana: le terre vengono rioccupate e coltivate e ha luogo una nuova ed intensa attività edilizia. Proprio in questo periodo, nell'area della Marcigliana, al centro di fondi estesi tra i 20 e i 100 ettari, furono costruite grandi ville alle quali si affiancavano gli edifici delle aziende agricole dedicate all'allevamento e alla coltivazione di viti, ulivi, alberi da frutta e grano. I beni prodotti non erano solo destinati alla tavola della grande famiglia del dominus che viveva nella villa, ma anche al mercato dell'Urbe, che ogni giorno richiedeva grandi quantità di prodotti freschi anche di genere voluttuario, come i fiori per decorare le case ed onorare le divinità. La caduta dell'Impero Romano, e le successive vicende storiche, dalle invasioni barbariche al passaggio delle terre alla Chiesa, hanno mantenuto la gestione latifondista di questi terreni, ostacolando lo sviluppo della zona. La Riserva ospita numerosi casali costruiti in epoche diverse, come quello della Marcigliana e della Cesarina. Il Casale della Marcigliana è stato costruito nel medioevo sulle rovine di una villa romana. Nell'XI sec. Era proprietà dell'Abbazia di Farfa, nel XII della Chiesa di S. Maria in via Lata, per passare poi tra i possedimenti di diverse famiglie nobili: i Barberini nel 1600, i Gabrielli nel 1700, i Carpegna nel 1800, i Grazioli dall'inizio del 1900. Il Casale della Cesarina, attuale sede di un'azienda zootecnica, è costituito da una costruzione fortificata nella cui corte sono stati inglobati i resti di una torre medioevale. La costruzione principale è attorniata da numerosi edifici rurali. Inizialmente conosciuto come casale S. Agata, possedimento della Diaconia S. Agata in Suburbice, assunse l'attuale nome solo dopo il 1536 quando fu acquistato dal cardinale Alessandro Cesarini. Le invasioni barbariche avevano provocato uno spopolamento della campagna, la costruzione di fattorie fortificate, con murature rialzate o addirittura raddoppiate, nelle quali il carattere militare difensivo si affiancava a quello abitativo e lavorativo, e l'edificazione di torri segnaletiche di controllo, le quali, oltre a segnare il confine tra i diversi possedimenti, avevano la funzione di segnalare l'avvicinarsi dei nemici. Ma, superati i secoli delle invasioni straniere, un diverso tipo di costruzione va diffondendosi nei secoli che ruotano attorno all'anno mille: le case - torri. Inizialmente ideate per la difesa dell'abitazione negli anni che vedono il contrasto tra le famiglie nobili per il controllo del territorio, con il susseguirsi di anni relativamente calmi dal punto di vista militare, diventeranno sempre più solo un simbolo della posizione sociale, economica e politica della potente famiglia a cui appartenevano. A partire dall'età medioevale il territorio è diviso in tenute appartenenti a famiglie nobili come gli Orsini, i Frangipane, i Borghese e molti altri ancora, esponenti della nobiltà locale il cui nome è indissolubilmente legato a quello della città. In particolare all’interno della Riserva è presente Tor San Giovanni. Tor San Giovanni: costruita nel Medioevo sulle rovine di una villa romana, venne utilizzata in quel periodo come torre di vedetta sia per l'avvistamento di nemici, sia per controllare il territorio per la riscossione dei pedaggi e dazi. Ancora nel XVII secolo la sua sommità era dotata di merli sostituiti in seguito da un tetto spiovente. Ricordata per la prima volta in un documento del 1012 con il nome di Capitignano assunse il nome di Torre di S. Giovanni solo dopo il 1564 quando fu acquistata dall'Ospedale di S. Giovanni. Nei secoli scorsi il latifondo veniva dato in affitto per brevi periodi ai cosiddetti “mercanti di campagna”, che non avevano alcun interesse a provvedere a opere di bonifica e che facevano coltivare la terra da lavoranti stagionali, mal pagato e alloggiati in capanne o grotte. Quest'area divenne sempre più deserta e infestata dalla malaria come tutto l'Agro Romano. La lotta alla malaria e all'analfabetismo dei primi del '900 portò alla nascita, nel territorio della Marcigliana, di una della prime scuole comunali rurali, composta inizialmente da due o tre aule in una capanna di legno e paglia. Ma a testimonianza delle successive iniziative per la bonifica e il ripopolamento dell'Agro Romano, resta nell'area un imponente edificio oggi abbandonato che, ad opera della Congregazione di Carità di Roma, ospitava una colonia agricola educativa. Disseminati in tutta l'area della Marcigliana troviamo numerosi fontanili, che raccolgono l'acqua sorgiva. Un tempo utilizzati per abbeverare i greggi, oggi molti di essi sono stati abbandonati. La vegetazione acquatica ha quindi prevalso creando un ambiente adatto alla sopravvivenza di numerose specie, come le rane, i rospi, i tritone e le larve di molti insetti. In alcuni fontanili, l'uomo ha inoltre rilasciato diverse specie di pesci, tra cui i comunissimi “pesci rossi”: un'intrusione sgradita alla fauna acquatica che spontaneamente aveva colonizzato le vasche.